La ciudad tiene un servicio sanitario, tanto público como privado, que atiende a la población de la ciudad y parte de la provincia. Son cinco los hospitales de la ciudad de los que tres son públicos englobados dentro del Área Hospitalaria Juan Ramón Jiménez y dependientes del Servicio Andaluz de Salud (el Hospital General Juan Ramón Jiménez. que atiende a la población del núcleo urbano y otras localidades cercanas, el Hospital Vázquez Díaz de diferentes especialidades y el Hospital Comarcal Infanta Elena, que atiende a población de diferentes localidades de la provincia). Todo ello se complementa con el centro ambulatorio de especialidades Virgen de la Cinta y los diferentes centros de salud de los barrios. Además existe un hospital privado concertado, el Hospital Blanca Paloma, y clínicas privadas. Dependiente de la Universidad de Huelva existe una facultad de enfermería. .
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